Podstawą prawną działania programów Interreg jest rozporządzenie Interreg (PDF). Rozporządzenie to weszło w życie 1 lipca 2021 r., wraz z całym pakietem rozporządzeń polityki spójności na lata 2021-2027.
Projekty programów Interreg są opracowywane przez międzynarodowe grupy robocze. W ich pracach uczestniczą przedstawiciele wszystkich państw uczestniczących w danym programie. Zaakceptowany przez grupę projekt programu musi zostać zatwierdzony przez rządy uczestniczących w nim państw. Następnie projekty programów są wysyłane do Komisji Europejskiej, która je zatwierdza.
Projekty programów Interreg na granicach wewnętrznych Unii Europejskiej muszą być złożone do Komisji Europejskiej najpóźniej 2 kwietnia 2022 r. Programy na granicach zewnętrznych UE (w przypadku Polski jest to Polska-Ukraina) mają nieco dłuższy termin. Jest to 9 miesięcy liczone od przyjęcia przez Komisję Europejską aktu delegowanego dotyczącego danego programu (do chwili publikacji niniejszej informacji akt ten nie został wydany).
***
Komisja Europejska opublikowała pierwszą propozycję pakietu rozporządzeń w maju 2018 r. Następnie rozpoczęły się negocjacje pomiędzy państwami członkowskimi w ramach prac Rady Unii Europejskiej. W marcu 2019 r. do propozycji odniósł się Parlament Europejski. Ostatnim etapem negocjacji były tzw. trilogi, czyli negocjacje pomiędzy trzema instytucjami: Komisją Europejską, Radą i Parlamentem Europejskim. Rozpoczęły się one we wrześniu 2019 r., a zakończyły w grudniu 2020 r. 16 grudnia 2020 r. projekty rozporządzeń zostały zaakceptowane przez COREPER, czyli Komitet Stałych Przedstawicieli (ambasadorów) Rządów Państw Członkowskich przy Unii Europejskiej. W ostatniej fazie przed przyjęciem rozporządzeń trwały prace redaktorsko-prawnicze, a także powstały oficjalne wersje językowe wszystkich państw UE.